Chịu trách nhiệm trong Bộ Ngoại giao và Thương mại là Bộ trưởng Ngoại giao và Bộ trưởng Thương mại & Đầu tư. Giúp việc cho Bộ trưởng Ngoại giao là Tổng trưởng (Parliamentary Secretary).

Số nhân viên của Bộ hiện khoảng 3.000 người, trong đó 1.300 người là nhân viên người nước ngoài được thuê làm việc tại các phái đoàn ngoại giao, 1.500 người là nhân viên người Úc làm việc tại Úc và khoảng 500 người là nhà ngoại giao làm việc ở hải ngoại.

Thư ký bộ

DFAT được quản trị bởi một ban điều hành cao cấp bao gồm một thư ký bộ và 5 phó thư ký. Toàn quyền Úc dựa theo lời đề nghị của Thủ tướng Úc để bổ nhiệm thư ký của Bộ Ngoại giao và Thương mại.

Các văn phòng

Bộ có các văn phòng ở mỗi bang và lãnh thổ nội địa của Úc nhằm cung cấp dịch vụ lãnh sự và hộ chiếu, thực hiện dịch vụ liên lạc quan trọng cho doanh nghiệp ở Úc. Bộ còn có Văn phòng Liên lạc Điều ước Eo biển Torres (Torres Strait Treaty Liaison Office) nằm trên đảo Thursday. Hiện mạng lưới của Bộ gồm hơn 90 phái đoàn ngoại giao hải ngoại, bao gồm đại sứ quán, cao ủy, tổng lãnh sự quán và lãnh sự quán.

Bộ có một số cơ quan dưới quyền:

• Văn phòng Hộ chiếu Úc;
• Austrade;
• AusAID;
• Công ty Tài chính và Bảo hiểm Xuất khẩu;
• Cơ quan Tình báo mật Úc;
• Australian Safeguards and Non-Proliferation Office;
• Trung tâm Úc về Nghiên cứu Nông nghiệp Quốc tế

Ngoài ra, bộ còn quản lý một số sáng hội, hội đồng và viện:[15]

• Hội đồng Úc-Trung Quốc (ACC)
• Hội đồng Úc-Ấn Độ (AIC)
• Viện Úc-Indonesia (AII)
• Hội đồng Văn hóa Quốc tế Úc (AICC)
• Sáng hội Úc-Nhật Bản (AJF)
• Sáng hội Úc-Hàn Quốc (AKF)
• Viện Úc-Malaysia (AMI)
• Viện Úc-Thái Lan (ATI)
• Hội đồng Quan hệ Úc-Ả Rập (CAAR)
• Hội đồng Quan hệ Úc-Mỹ Latinh (COALAR)